一份就行~
原件办居留的时候会收走。无犯罪本身就有时效性，办完手续过了期也就没有留原件的必要了；倒是出生证明，如果你日后需要可以去存档那里问他们要复印件的。
不过我建议你办下来双认证后自己手里留一份扫描件。