林彪问题与九一三事件（1969年—1971年）
1969年4月1日，中共第九届党代表大会召开。在这次会议上，国防部长林彪作为党的接班人列入党章[23]。国家主席刘少奇已经被打倒，周恩来继续保持党内第三的位置且为国务院总理，担当处理国家日常事务大权[24]。
九大会议由林彪作政治报告。原政治报告草稿为陈伯达所写，题目为《为把我国建设成为强大的社会主义国家而奋斗》[25]。该题目遭到毛泽东反感，后由张春桥起草政治报告，林彪在会上宣读。而中共官方指出，林彪对张春桥起草的报告不满，宣读时磕磕巴巴，照本宣科[26]。张的报告中不断引用毛泽东语录，再度批判“刘少奇反革命集团”，还赞扬了军队的作用。会议的第二项议程是修改党章。新的党章中明确提到“林彪同志是毛泽东同志的亲密战友和接班人。”从此毛泽东与林彪的名字就一直联系在一起。会议还选举了中共的新领导人，毛泽东、林彪、周恩来、陈伯达、康生为中常委委员，而江青、林彪集团进入政治局（参阅中共中央政治局），周恩来维持了自己的地位，至于陈云等一些中共元勋则全都被排斥在政治局之外。而有资料称，周恩来在九大期间地位上升，并几乎成为党的第二副主席[27]。
1969年，因刘少奇逝世，国家主席职务空缺。而此时面临召开四届人大，宪法需要修改以容纳文革纲领。1970年3月，毛泽东在收到周恩来送来的宪法修改草案提要和一封信之后明确与汪东兴说，“宪法中不要写国家主席这一章，我也不当国家主席。”[28]。3月8日晚，汪东兴在周恩来主持的政治局会议上传达了毛泽东的这一指示。政治局一致拥护毛泽东的建议[29]。整个过程中，林彪仅有一次单独表态，即在1970年4月11日，林彪写信给毛泽东“一，关于这次‘人大’国家主席的问题，林彪同志仍然建议由毛主席兼任。这样做对党内、党外、国内、国外人民的心理状态适合。否则，不适合人民的心理状态。二，关于副主席问题，林彪同志认为可设可不设，可多设可少设，关系都不大。三，林彪同志认为，他自己不宜担任副主席的职务。”[30]。周恩来向政治局转达了林彪的建议，“多数政治局成员同意仍由毛泽东担任国家主席，周恩来对此也没有提出异议”[30]。
由于按照党的纪律，少数服从多数。在除毛泽东外多数政治局委员要求设立国家主席的情况下，毛泽东再度以个人权威压倒集体决议，声称“孙权是要把他放在炉火上烤。我劝你们不要把我当曹操，你们也不要当孙权。”[31]九届二中全会上，事情再度出现转折，康生、周恩来、陈伯达等人再度要求设立国家主席[32]。周恩来建议设立国家主席是为了外事活动，如毛泽东不愿意参加外事活动，可以授权他人进行。宪法修改小组的康生对撤销国家主席反应激烈，他认为撤销国家主席违背民众愿望，但又不能违反主席的指示，导致他们修宪小组压力很大。陈伯达表示毛泽东任国家主席是对人民的鼓舞。[32]林彪仅表示附和[32]。
有学者认为[29]，国家主席问题涉及国家体制，多数政治局委员对于涉及国家大事的重大问题有激烈反应完全可以理解。而撤销国家主席职务这样的更改国家体制的提议，毛泽东应光明正大地说明原因和理由，但他一直未能做出解释，反而指责反对者有阴谋[29]。中共的史料对此也指责反对者，即林彪凯觎国家主席职务而引起毛泽东怀疑[33]，“林彪阴谋设立国家主席以篡党夺权”[34]。
有学者认为[29]，据中共承认[35]，毛泽东最早公开指出林彪有篡夺国家主席野心是在1971年8月南巡期间[36]，而中共迄今认定林彪有篡夺国家主席野心的唯一证据[29] 是吴法宪在1971年10月21日对中央专案组揭发叶群对他的谈话[37]。该学者认为，根据这两个时间可以得出毛泽东是在得到证据两个月之前就开始怀疑林彪阴谋夺取国家主席职务的结论。
关于毛泽东与林彪关系恶化的原因，目前有两种对立的说法。中共官方说法是林彪凯觎国家主席，篡党夺权的野心引起毛泽东怀疑，后林彪袭击毛泽东专列未果，仓皇出逃。而有学者则提出相反的观点[24]，认为是九届二中全会上陈伯达与张春桥的文人相斗，引起了大会成员对张春桥的怒讨。而偏袒张春桥的毛泽东则怀疑这种大规模声讨（毛泽东语“大有炸平庐山停止地球运转之势”[38]）是林彪背后指使，故引起毛泽东批判陈伯达，矛头对准林彪，毛林关系由此恶化。这个观点认为国家主席问题仅仅是为遮掩批斗张春桥事件引发毛林关系恶化的一个借口[24]。
高文谦等学者则明确指出[24]，毛泽东在1971年8月绕过党中央直接向南方的地方干部揭发林彪问题，并采取“掺沙子”“抛石子”等办法斗争林彪，均成为后来林彪出走事件的直接原因。
受到挫败的林彪，虽然并没有被直接点名批评，但毫无疑问他也已经意识到，其在党内的地位已经摇摇欲坠。在这种情况下，林彪及其儿子林立果与其亲信组成了代号为“联合舰队”的秘密组织，并在林彪等人的根据地上海制订了著名的《五七一工程纪要》（“五七一”取自“武装起义”的谐音）。纪要内明确提出“一场新的夺权斗争势不可免，我们不掌握革命领导权，领导权将落在别人头上。”林彪的计划是要利用空军为主导武力夺权，如果成功的话就可以一举逮捕所有要员，获得全国的政权。另一种可能性则是形成割据局面。
有学者对此说法提出质疑[39]，认为迄今尚无任何证据证明林彪参与《五七一工程纪要》的制订，甚至连林彪亲信李作鹏，吴法宪，邱会作等人均不知道该纪要的存在。该学者提出一个论点，即“似乎死了的（指飞机上摔死的），都是‘571工程纪要’的目击者，而活着的，却没有一人见过这个‘纲领’。”[40]。
不过林彪的计划并没有实现，政变失败了。根据香港《明报》几星期后的报道，1971年9月8日至10日之间，毛泽东曾在上海险些遭到一系列袭击。在此之前公安部就已经接到情报，称林彪正在预谋一起重大政治阴谋，一批军中林彪的亲信正在接受特殊军事训练。而上海的袭击阴谋则完全证实了该情报。此外还有其他各种传闻，称毛泽东在往北京的火车上险些遭袭，甚至有人到毛泽东寓所行刺。这些传闻是否属实不得而知。
据中共官方表述，9月13日晚，林彪等人仓促从隶属海军的山海关机场乘256号三叉戟飞机准备逃往苏联伊尔库茨克，飞机在没有副机长和领航员且跑道灯未开的情况下强行起飞，在进入蒙古国领空几百公里后在温都尔汗坠落，林彪及其妻子叶群、儿子林立果、驾驶员潘景寅在事故中丧生。而在同一天，北京的政治局召开紧急会议商讨林彪事件。直到9月14日林彪坠机的消息才传到北京。当年10月1日的天安门国庆庆祝活动也取消。这和1976年也是十年文革中没有在天安门广场举办国庆庆典的两年。
近年来，有学者发现林彪飞机的飞行轨迹是从山海关至苏蒙边境后折返蒙古，在蒙古坠毁[41]。林彪出走事件因整个事情扑朔迷离，其出走原因，出走过程，出走目的，出走性质仍然争议极大[42]。