我没估计错的话，道理上你要在德国checkin一次，奥地利再一次。

因为不是连票，如果行李到中国了，你人因为延误了还没到中国，对他们来说比较麻烦（赔偿等等）。所以为了他们自己的安全，应该不能直接在维也纳办两张机票的checkin的。
比如，维也纳这班航班延误了，你赶不上德国那班。延误时间又在法律接受范围之内，他们是没有义务把你送到中国的。不过汉莎的服务不错，应该会把你带到中国，只是赔偿方面应该没戏了。