请教大家，关于在MA35遇到的麻烦

帮一个来自印度的朋友询问，他在MA35申请居留时遇到了一些麻烦。看看大家是否可以给一些建议。
他在我们的研究小组工作，需要申请研究人员的居留。由于学校更新合同较晚的原因，他只能在D签证到期前的一周左右才去MA35办理居留申请。
在办理居留时，MA35要求他提供在德国的无犯罪证明（他在来奥地利之前在德国生活了3年）。由于在维也纳政府的网站上仅提到需要来自原国籍的证明，因此他当时并没有准备这个文件。他承诺会尽快向德国申请办理相关材料（需要15天左右），但是考虑到他的签证马上要到期，请求MA35先接受他的申请来保证他在得到居留卡之前的合法停留，等他收到材料后再尽快补齐。但是MA35的工作人员拒绝并要求他尽快离开奥地利，在重新办理签证后再回到奥地利申请。在得到这样的答复后，他当时考虑前往德国，在奥利地驻德国大使馆申请一个旅游签证来度过这段时间，并且已经向那边的大使馆打电话咨询了办理签证的时间是否来得及的问题。然而在他再次到MA35咨询这样的可行性时，另一个工作人员又收下了他的申请（并收费），同时表示先不用前往德国，他们需要开会讨论他的情况，在两周之内给他答复。在他问及在此期间在奥地利停留的合法性时，工作人员不予解答并没有提供任何证明文件。
如此等待了3周后期间（MA35又拖了两次），昨天MA35表示他还是需要离开奥地利。但此时他的签证已经过期，也无法再到德国办理签证，只能返回印度。同时MA35提出他需要自行向海关和奥地利驻印度大使馆解释他的过期滞留并且需要缴纳滞留罚金，MA35拒绝提供任何证明文件说明其中的缘由。他也不知在有这样的记录后在申请签证以及再次入境时是否会遇到麻烦。
遇到这样的情况，希望看看大家是否有什么好的建议。任何建议都很感谢。例如如何进行投诉，如何有变通的办法，或者如何与海关或者大使馆解释等。他手中可以用于解释的文件仅有当时在MA35的缴费证明以及部分往来邮件，不知是否可以作为有效证据。
另外提醒新来奥地利的朋友提前去申请居留，以免产生不必要的麻烦。
谢谢

没办法，如果没有欧盟其他国家合法居留，就只有回印度申请。一切都没有问题，可能出关时会罚款。